Les missions sont attribués à un village par les clients eux-même ou par les différentes représentants du daimyô de leur pays. Ainsi, chaque pays a ses propres missions mais il n'est pas rare de voir différents villages sur une même mission, soit grâce à l'espionnage ou bien par différents clients qui ont le même but.

Il n'est pas surprenant de voir certaines missions revenir régulièrement tandis que certaines n'apparaîtront qu'une fois et ne seront plus jamais refaites.

Chaque mission a son niveau de difficulté, ses propres récompenses et correspond à une catégorie de shinobi. Pour plus d'informations, n'hésitez pas à aller lire l'article sur les missions qu'on peut trouver dans le wikia : [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] (en anglais seulement).

Missions de Rang D - Assignés aux genin récemment sortis de l'académie. Peu de risques et ne s'étend pas au delà du village et de sa zone environnante.
Récompense : 5000 à 50 000 ryos. 500 à 1 500points d'expériences.

Missions de Rang C - Assignés aux genin expérimentés ou aux chûnin. Peu de chance ou aucune de combattre contre d'autres ninjas.
Récompense : 30 000 à 100 000 ryos. 1 000 à 2 000points d'expériences.

Missions de Rang B - Assignés aux chûnin expérimentés. Elles concernent les missions dans lesquelles ils seront confrontés à d'autres ninjas.
Récompense : 150 000 à 200 000 ryos. 1 500 à 4 000points d'expériences.

Missions de Rang A - Assignés aux jônin. Il s'agit de mission concernant les affaires du village ou d'état.
Récompense : 150 000 à 1 000 000 ryos. 3 000 à 6 000points d'expériences.

Missions de Rang S - Assignés aux jônin expérimentés et plus. Il s'agit d'affaires secrètes d'état.
Récompense : Supérieur à 1 000 000 ryos. 5 000 à 15 000points d'expériences.